BIOREN capacita en secuenciación por nanoporos

El Núcleo Científico y Tecnológico en Biorecursos BIOREN UFRO y la empresa Bioquímica.cl, que son los representantes autorizados de Oxford Nanopore Technologies en Chile, realizaron una jornada sobre las diferentes aplicaciones de Nanopore, donde se trabajó secuenciación genómica, estudio de microbiomas, RNA-seq, adaptive sampling, genotipificación, entre otros y es que aplicaciones como las que permite esta tecnología están revolucionado la manera en que los investigadores estudian la biología de seres vivos.

La secuenciación genómica con tecnología nanopore permite determinar la composición y el orden de los nucleótidos en una hebra de ADN donde destaca la capacidad de leer moléculas de ADN muy largas, una de sus principales características y diferencia con otras tecnologías que se ocupan para secuenciación genómica, lo que facilita el ensamblaje de genomas completos y el estudio de estructuras genómicas complejas.

“Estos temas suscitan interés, vemos en grupos de investigación a nivel regional, que se acercan a BIOREN con inquietud en aprender técnicas de secuenciación para diversos usos incluyendo, salud, agricultura, biotecnología y medio ambiente”, comentó el Dr. Michel Abanto, encargado de la Unidad de Ómicas.

El programa de capacitación consideró la charla “Tecnología de Secuenciación por nanoporos: Bases y Aplicaciones” y una sesión práctica de laboratorio donde los participantes pudieron trabajar en preparación de librería, carga en celda (flowcell), configuración de la secuenciación Flowcell check, Epi2me. “Inicialmente diseñamos la actividad para diez estudiantes, pero vimos tanto interés que finalmente lo abrimos y llegaron 50 estudiantes e investigadores”, señaló el Dr. Abanto, doctor en Biología Computacional y Sistemas.

“La tecnología nanopore se caracteriza por su versatilidad, rapidez y portabilidad, abriendo nuevas posibilidades en la investigación biomédica, la microbiología, la epidemiología, estudios en mejoramiento genético en plantas y otras áreas. Podemos decir que es una vía para democratizar la genómica”, indicó.

En cuanto a su principio, la secuenciación de ADN a través de nanoporos implica la lectura de cadenas únicas de ADN a medida que se las enlaza a través de poros extremadamente pequeños (nanoporos) insertados en una membrana. A medida que el ADN se desplaza a través del poro, crea señales que se pueden convertir para leer cada base. 

“Hoy en Bioren se está ocupando la tecnología nanopore para la secuenciación de genomas pequeños principalmente genomas bacterianos y algunos genomas de hongos, resultado que se complementa con una secuenciación ilumina. Esto se hace de la siguiente manera,  nanopore tiene la capacidad de entregar lecturas largas. Poder ensamblar el genoma es mucho más fácil con piezas largas, ejemplo imagina un rompecabeza si uno quiere armar un rompecabezas de veinte piezas no necesita una imagen de referencia porque con intuición se puede armar y será sencillo, pero qué pasa si yo quiero armar un rompecabezas de mil piezas, en ese caso si no cuento con una imagen de referencia me costará. Lo que se hace – en algunos casos – es usar nanopore para armar una imagen de referencia y luego utilizar esa imagen para ensamblar una lectura obtenida con secuenciación ilumina, un ensamblaje híbrido con un resultado mucho más robusto”, explicó, Claudio Vásquez, encargado del Laboratorio de Genómica de Bioren-UFRO.

El Núcleo Científico y Tecnológico en Biorecursos Bioren-UFRO cuenta con tres equipos de secuenciación genómica: Secuenciador NGS MiSeq-Illumina, Secuenciador 3500 Genetic Analyzer, Secuenciador MinION, Oxford Nanopore Technology, “en Bioren tenemos el equipamiento y contamos con las competencias de secuenciación con diferentes tipos de equipos sanger, ilumina y nanopore. En esta oportunidad trabajamos con nanopore porque es una tecnología accesible. En vista del interés que esta jornada ha suscitado, lo más probable es que próximamente tengamos una segunda versión porque además nos  interesa que estudiantes e investigadores sepan que Bioren está disponible”, indicó la Dra. María de Luz Mora, directora de Bioren-UFRO.